Endoskopiju možemo podijeliti na:
1. Endoskopiju probavnog sustava koju obuhvaća pregled gornjeg dijela probavnog sustava – jednjaka (ezofagoskopija), želuca (gastroskopija), te početnog dijela tankog crijeva ( duodenoskopija) . Ovom pretragom moguće je ustanoviti i ukloniti strana tijela (kosti, igračke, komadići štapa i sl.) u nekom od navedenih organa. Nadalje endoskopijom otkrivamo i uzimamo uzorke za definitivnu dijagnostiku upalnih bolesti , oštećenja površinskog sloja (čireva i erozija) te neoplazija.
Donji dio probvnog sustava (stražnjeg dijela tankog i debelog crijeva) pregledavamo kolonoskopijom kojom je moguće utvrditi prisutnost upalne bolesti, crijevnih parazita, stranog tijela, polipa, tumora itd. Za uspješnu kolonoskopiju neophodno je da su životinje dobro očišćene, te se nekoliko dana prije zahvata započinje sa pripremom (što kod kuće- post životinje i davanje laksativa, što u veterinarskoj ambulanti- klizma u nekolko navrata).
2. Endoskopiju dišnog sustava koja obuhvaća laringoskopiju (pregled grkljana), traheoskopiju (pregled dušnika- dijagnoza kolapsa dušnika, stranih tijela, tvorbi, upale) i bronhoskopiju ( pregled bronha- dijagnoza upale, kolapsa, stranog tijela, tvorbi ).
3. Endoskopski pregled rodnice, uretre i mokraćnog mjehura – za dijagnostiku urođenih mana, kamenaca, tvorbi i upala (naročito kroničnih, recidivirajućih).
4. Endoskopija nosnih prohoda -rinoskopija – veterinari ga najčešće koriste kod suspektnog stranog tijela, problema poput kroničnog kihanja i iscjetka iz nosa, epistakse (krvarenja iz nosa) te otečenja područja nosa.
5. Endoskopija zvukovoda –videootoskopija – indikacije su: suspektno strano tijelo u zvukovodu, kronične upale zvukovoda, suženja (stenoze) zvukovoda, polipi i neoplazije.
